除了不斷努力研發世界級知識產權及將其有效地轉移給業界外，香港應用科技研究院還非常重視確保研發和管理過程的質素。
研發質素保證
所有研發項目均由董事局轄下技術委員會持續監控，以審評其獲取顧客支持的成效。另外，應科院向創新科技署每半年提交進度報告，以便查核項目的進展以及達標程度。技術委員會亦會於每季審核各項目，而應科院首席科技總監會監察各項目每月的進度。
優質管理
應科院對所有研究成果均以品質為先，因此院內各部 均採用 ISO 9001 品質管理標準。憑藉 ISO 9001 標準， 應科院可維持產品和服務的一貫高品質，不但切合客 戶和合作夥伴的期望，亦提升他們的滿意度。每年國際認證機構都會對應科院的運作進行審核，以確保實際操作符合 ISO 9001 標準。應科院透過與各類持份者衷誠溝通交流，主動物色機會改善業務質素。
為有效進行良好的企業管治，應科院於2003年成立內部審計部門，隸屬於審計委員會，協助董事局，向其提供有關內部管理控制的資訊及保證。
香港應用科技研究院的企業管治手冊規定，內部審計部門每年應根據確定的優先次序進行審計，以達到董事局對審計範圍的要求。
企業管治手冊亦要求內部審計部門審核內部控制制度，並透過審計委員會向董事局報告該制度的效率和有效性。為此，內部審計部門每半年向審計委員會提交內部審計進度報告。
此外，董事局於2007年4月委任內部審計主管擔任合規主任 (Compliance Officer)，協助其進行企業管治，適時向審計委員會提供有關應科院遵守項目管理、財務、人力資源及行政管理政策和程序的情況。
為確保應科院持續遵守《資訊及科技支援計劃指引》、企業管治手冊、ISO程序及其他相關指引，合規主任必須每季度向審計委員會提交報告。