除了不断努力研发世界级知识产权及将其有效地转移给业界外，应科院还非常重视确保研发和管理过程的素质。
研发素质保证
所有研发项目均由董事局辖下技术委员会持续监控，以审评其获取顾客支持的成效。另外，应科院向创新科技署每半年提交进度报告，以便查核项目的进展以及达标程度。技术委员会亦会于每季审核各项目，而应科院首席科技总监会监察各项目每月的进度。
优质管理
应科院对所有研究成果均以质量为先，因此院内各部 均采用 ISO 9001 质量管理标准。凭借 ISO 9001 标准，应科院可维持产品和服务的一贯高质量，不但切合客户和合作伙伴的期望，亦提升他们的满意度。每年国际认证机构都会对应科院的运作进行审核，以确保实际操作符合 ISO 9001 标准。应科院透过与各类持份者衷诚沟通交流，主动物色机会改善业务质素。
为有效进行良好的企业管治，应科院于2003年成立内部审计部门，隶属于审计委员会，协助董事局，向其提供有关内部管理控制的资讯及保证。
应科院的企业管治手册规定，内部审计部门每年应根据确定的优先次序进行审计，以达到董事局对审计范围的要求。
企业管治手册亦要求内部审计部门审核内部控制制度，并透过审计委员会向董事局报告该制度的效率和有效性。为此，内部审计部门每半年向审计委员会提交内部审计进度报告。
此外，董事局于2007年4月委任内部审计主管担任合规主任 (Compliance Officer)，协助其进行企业管治，适时向审计委员会提供有关应科院遵守项目管理、财务、人力资源及行政管理政策和程序的情况。
为确保应科院持续遵守《信息及科技支持计划指引》、企业管治手册、ISO程序及其它相关指引，合规主任必须每季度向审计委员会提交报告。